Od 1969 r. bp K. Majdański podjął pracę naukowo-dydaktyczną w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie.

W 1972 r. Rada Wydziału Teologicznego ATK nadała mu stopień doktora habilitowanego. Tematem wykładu habilitacyjnego był całokształt dorobku naukowo-dydaktycznego, a pracą syntetyzującą „Piętnastolecie wznowionego Ateneum Kapłańskiego”. Habilitacja została zatwierdzona w grudniu 1972 r. Wtedy też przyznano bp. K. Majdańskiemu stanowisko docenta.

Prowadził wykłady w zakresie teologii pastoralnej, teologii znaków czasu, teologii małżeństwa i rodziny. W 1982 r. otrzymał tytuł profesora.

Jednym z najważniejszych osiągnięć działalności naukowej Arcybiskupa K. Majdańskiego jest wypracowanie usystematyzowanej wizji teologii małżeństwa i rodziny.

Szczególne miejsce w działalności naukowej Ks. Arcybiskupa zajęła myśl o konieczności stworzenia naukowych podstaw dla duszpasterskiej troski Kościoła o rodzinę. Tak powstał pierwszy w skali światowej Instytut Studiów nad Rodziną.